Zooläden sind leider im Grunde alle gleich. Sie können von außen noch so schön aussehen, noch so gepflegt sein und noch so freundlich - sie haben keine Ahnung von den Tieren, die sie verkaufen (keine Ausbildung vorgeschrieben). Man sieht es von außen leider nicht immer, aber Tierfachmärkte sind ein großes, korruptes Geschäft.
Die Tiere dort stammen in den meisten Fällen aus Wohnzimmervermehrungen oder Massenvermehrungen aus dem Ausland (bzw. im Lagerraum werden eigene Gebärmaschinen gehalten), die Tiere werden zu früh von den Eltern getrennt und sind deshalb häufig verhaltensgestört. Nicht selten haben die Babys bereits schlechte Erfahrungen mit Menschen gemacht, da sie grob angefasst werden. Im schlimmsten Fall sind die weiblichen Tiere bereits trächtig, wenn man sie nach Hause holt. Die Geschlechterbestimmung ist ebenfalls meistens falsch. Tiere im Tierhandel sind Ware, nicht mehr. Sie wird verkauft und wenn sie in falscher Haltung endet, dann interessiert das weder die Verkäufer noch die Leiter des Ladens. Oder in den Läden herrscht schlicht immer noch die Einstellung "es sind nur Tiere - da kann man schon nichts falsch machen".
Auf dieser Seite wird groß über Zooläden aufgeklärt, mit Fotomaterial und Berichten von Mitarbeitern, schau dir die Seite mal an:
http://www.gegen-zooladenkaeufe.de/
Käfige sind für Kaninchen ungeeignet. Pro Kaninchen ist ein dauerhafter Platz von 2 m² notwendig, das ist das Minimum. Für zwei Kaninchen muss also ein Gehege von 4 m² dauerhaft zur Verfügung stehen. Auslauf ist immer gut, aber der muss zusätzlich zum Gehege gegeben werden. Kaninchen sind dämmerungsaktiv, daher wollen sie sich auch abends oder nachts bewegen, bzw. insbesondere abends. Wenn ein Kaninchen im Käfig sitzt (auch bei 1,40 Meter), fühlt sich das für uns an, als würden wir im Wandschrank stehen - wir können kaum die Beine strecken, geschweige denn mehr als einen Schritt laufen. Das werden die Tiere meistens auch zeitnahe zeigen, indem sie wie verrückt an den Gittern nagen oder anderweitig Unruhe stiften, sobald sie im Käfig eingesperrt werden. Bei zwei Kaninchen löst eine Haltung auf so engem Raum (auch nur über Nacht) außerdem Differenzen aus, die für die Tiere stressig sind und zu Streitigkeiten führen können. Für zwei Meerschweinchen sind 2 m² das Minimum.
Bzgl. Gehegebau findest du hier viele Anregungen:
http://diebrain.de/k-gehege.html für Kaninchen und
http://diebrain.de/I-gehege.html für Meerschweinchen.
Nun musst du eine Lösung für deine Tiere finden. Jedes Tier braucht einen artgleichen Partner. Weibliche Tiere sollten immer mit Männchen vergesellschaftet werden und andersrum, dies funktioniert im Normalfall am besten. Dein Kaninchen müsste also kastriert werden. Wenn es bereits älter als 13 Wochen alt ist, muss es danach eine 6-wöchige Quarantäne absitzen (so lange kann es noch zeugen). Ist es jünger als 13 Wochen, kannst du es frühkastrieren lassen und die Quarantäne vermeiden.
Artgenossen findest du in Notstationen oder Tierheimen - diese Tiere sind gesund und meistens auch schon kastriert. Bei deinem weiblichen Meerschwein kannst du also direkt ein kastriertes Böckchen adoptieren.
Wenn deine Platzverhältnisse die Haltung beider Tierarten nicht erlauben, empfiehlt es sich, eines der Tiere zu vermitteln und dafür einen Artgenossen für das anzuschaffen, das du behalten willst.