Also...
1) Würde ich die Babies mit 4,5 Wochen nach Geschlechtern trennen.
2) Würde ich den Papa nicht kastrieren lassen (das ist bei Ratten unnötig, Rattenböcke vertragen sich im Gegensatz zu Farbmausböcken auch unkastriert, das wäre also nur ein unnötiges Risiko.)
Ich würde dem Papa einfach einige seiner Söhne unterjubeln, dann wäre er nicht mehr allein und man hätte ihm die Kastra erspart.
3) Wenn Du beide Gruppen behalten könntest, würde ich sie auf jeden Fall in getrennte Räume stellen und den Rudeln dann auch nur getrennt Auslauf geben.
Besser wäre es, Du würdest Dich für ein Geschlecht entscheiden und das andere Rudel in liebevolle Hände vermitteln. Dann wäre das Risiko, dass doch mal wieder irgendein "Unfall" passiert, nämlich ausgeschlossen.
(Du glaubst gar nicht, wie oft es bei Leuten, die zwei verschiedengeschlechtliche Rudel haben, plötzlich passiert, dass ein Mädel oder ein Kerl "ausbüchst" - und schwupps, hat man den Salat...)
Und sei nicht böse, wenn Du hier gleich etwas kritischer empfangen wurdest - die Gründe dafür wurden Dir ja schon erläutert
LG, seven